بسته به نوع پروژه، نرم‌افزارهای مختلفی مانند Blender، ۳ds Max، Maya، یا SketchUp می‌توانند انتخاب شوند. انتخاب نرم‌افزار باید با توجه به نیازهای پروژه و توانایی‌های تیم انجام شود.
در این مرحله مدل پایه یا هندسه اصلی شیء طراحی می‌شود. این شامل ایجاد اشکال ساده و ترکیب آن‌ها به منظور ساختاری پیچیده‌تر است. برای دقت بیشتر، می‌توان از تصاویر مرجع یا اسکیس‌ها استفاده کرد. این مرجع‌ها کمک می‌کنند تا جزئیات واقعی‌تری را به مدل اضافه کنیم.
مهم است که مقیاس مدل را در نظر گرفته شود. اندازه‌گیری‌ها باید دقیق باشد تا مدل نهایی به واقعیت نزدیک‌تر باشد.پس از ایجاد هندسه پایه، باید جزئیات بیشتری به مدل اضافه شود. این شامل افزودن بافت‌ها، خطوط، اشکال و ویژگی‌های خاص است.
باید اطمینان حاصل کرد که تمام اجزا به درستی تراز شده‌اند و هیچ گونه هم‌پوشانی یا ناهماهنگی وجود ندارد. برای سازماندهی بهتر، می‌توان از لایه‌ها استفاده کنیم. این کار کمک می‌کند تا اجزا را به راحتی مدیریت کنیم و تغییرات را با دقت انجام دهیم.
در حین انجام مدل سازی، مدل را باید به صورت مداوم پیش‌نمایش کرد تا از کیفیت و جزئیات آن مطمئن شویم. در انتهای این مرحله، مدل را بهینه‌سازی می‌کنیم تا حجم آن کاهش یابد و عملکرد بهتری داشته باشد، به ویژه اگر قرار است در محیط‌های واقعی یا بازی‌ها استفاده شود.
این نکات می‌توانند به انجام مرحله دوم طراحی مدل‌سازی سه‌بعدی کمک کند و کیفیت نهایی مدل را بهبود بخشد.